История театра началась в 1925 году – тогда при Центральном комитете профсоюза железнодорожников был организован «отраслевой» театр, называвшийся Передвижным театром драмы и комедии.
В 1943 году театр обрел постоянное помещение на улице Казакова, 8, в здании дореволюционной постройки – бывшем железнодорожном депо. В 1959 году коллектив получил своё современное название – Московский драматический театр им. Н. В. Гоголя.
За 97 лет существования Театр им. Н.В. Гоголя возглавляли известные театральные режиссеры: народный артист РСФСР Илья Судаков (1948-1952), заслуженные деятели искусств РСФСР Владимир Гольдфельд (1953-1959), Петр Васильев (1958-1961), народные артисты РСФСР Александр Дунаев (1961-1965) и Борис Голубовский (1965-1987), одни из которых привносили новые черты в искусство театра, а другие хранили и продолжали его традиции.
С 1987 по 2012 год художественным руководителем театра был народный артист России Сергей Яшин.
В 2012 году новым художественным руководителем театра был назначен Кирилл Серебренников. В 2013 году на базе театра открылся «Гоголь-центр».
В 2021 году художественным руководителем театра был назначен Алексей Агранович.
4 июля 2022 года проект «Гоголь-центр» был закрыт. Новым художественным руководителем МДТ им. Н.В. Гоголя был назначен режиссер Антон Яковлев – лауреат Премии города Москвы в области литературы и искусства за постановку спектаклей «Макбет» в Московском драматическом театре на Малой Бронной и «Лес» в Московском академическом театре сатиры, а также многократный лауреат и номинант премий «Звезда Театрала» и «Золотой софит».
